(Ne) običajni osumljenec novega koronavirusa s poreklom netopirjev

A nedavna študija ugotavlja o nov koronavirus, odgovoren za epidemijo pljučnice v kitajski provinci Hubei-virus netopirjev je povezan z drugimi znanimi patogenimi koronavirusi

O 2019 novi koronavirus (CoV) povzroča smrtno pljučnico, ki je zahtevala več kot 1300 življenj, z več kot 52000 potrjenimi primeri okužbe s 13. februarja 2020, vse v obdobju nekaj več kot mesec dni. Toda kaj je ta virus? Je to sploh nov virus? Od kod prihaja? Znanstveniki iz vrhunskih raziskovalnih inštitutov na Kitajskem so se združili, da bi odgovorili na ta vprašanja, in ta pionirska študija je bila objavljena leta Kitajski medicinski vestnik.

https://www.youtube.com/watch?v=jFKWluuMdgs

V začetku decembra je nekaj ljudi v mestu Wuhan v kitajski provinci Hubei začelo zboleti, potem ko so odšli na lokalno tržnico morskih sadežev. Imeli so simptome, kot so kašelj, zvišana telesna temperatura in težko dihanje, in celo zaplete, povezane s sindromom akutne dihalne stiske (ARDS). Takojšnja diagnoza je bila pljučnica, vendar natančen vzrok ni bil pojasnjen. Kaj je povzročilo nov izbruh? Je to hudi akutni respiratorni sindrom (SARS) -CoV? Ali gre za sindrom dihal na Bližnjem vzhodu (MERS) -CoV? Izkazalo se je, da so znanstveniki decembra analizirali prvih nekaj primerov študije za identifikacijo tega virusa. Ta študija je zdaj objavljena v Kitajski medicinski vestnik in identiteta virusa je bila ugotovljena-gre za popolnoma nov virus, tesno povezan s CoV, podobnim netopirju. Jianwei Wang (Kitajska akademija medicinskih znanosti, Inštitut za patologijo), vodilni raziskovalec študije, pravi:Naš članek je ugotovil identiteto CoV, ki je bila doslej neznana."

V tej študiji so znanstveniki s priznanih raziskovalnih inštitutov na Kitajskem, kot so Kitajska akademija medicinskih znanosti, Inštitut za patologijo biologije, Bolnišnica prijateljstva Kitajske in Japonske ter Medicinska fakulteta Peking Union, skupaj odkrili in identificirali novega CoV-glavnega krivca izbruh Wuhana - z zaporedjem naslednje generacije (NGS). Osredotočili so se na pet bolnikov, sprejetih v bolnišnico Jin Yin-tan v Wuhanu, med katerimi je bila večina delavcev na trgu morskih sadežev Huanan v Wuhanu. Ti bolniki so imeli visoko vročino, kašelj in druge simptome, sprva pa so imeli diagnozo pljučnice, vendar neznanega vzroka. Stanje nekaterih bolnikov se je hitro poslabšalo na ARDS; eden je celo umrl. Dr Wang pravi: "Rentgen prsnega koša pri bolnikih je pokazal nekaj zamegljenih motenj in utrditev, ki so značilne za pljučnico. Vendar smo želeli ugotoviti, kaj je povzročilo pljučnico, in naši nadaljnji poskusi so odkrili natančen vzrok- nov CoV, ki prej ni bil znan."

Za študijo so znanstveniki uporabili vzorce tekočine za bronhoalveolarno izpiranje (BAL), vzeti pri bolnikih (BAL je postopek, pri katerem se sterilna tekočina prenese v pljuča skozi bronhoskop in nato zbere za analizo).

Najprej so znanstveniki s pomočjo tehnologije NGS poskušali identificirati virus z zaporedjem genoma. NGS je najprimernejša presejalna metoda za identifikacijo neznanih patogenov, saj hitro odkrije in izključi vse znane patogene mikroorganizme v vzorcu. Na podlagi zaporedja DNA/RNA iz vzorcev tekočine BAL so znanstveniki ugotovili, da večina virusnih odčitkov pripada družini CoV. Znanstveniki so nato sestavili različne "odčitke", ki so pripadali CoV, in zgradili celotno genomsko zaporedje za nov virus; ta zaporedja so bila med vsemi vzorci bolnikov podobna 99.8-99.9%, kar potrjuje, da je bil ta virus pogost patogen pri vseh bolnikih. Nadalje so z uporabo homološke analize, kjer sekvenco genoma primerjamo z drugimi znanimi sekvencami genoma (z vnaprej določenim pragom 90%, da se šteje za "novo" zaporedje), potrdili, da je zaporedje genoma tega novega virusa 79.0% podobno kot SARS-CoV, približno 51.8% podobno kot MERS-CoV in približno 87.6–87.7% podobno drugim SARS-podobnim CoV iz kitajskih podkovnjakov (imenovanih ZC45 in ZXC21). Filogenetska analiza je pokazala, da so bile sekvence petih pridobljenih sevov CoV najbližje sekvencam sevov, pridobljenih iz netopirjev, vendar so tvorile ločene evolucijske veje. Te ugotovitve jasno kažejo, da je virus izviral iz netopirjev. Dr Wang navaja:Ker so podobnosti gena virusne replikacije z vsemi drugimi znanimi "podobnimi" virusi še vedno manj kot 90%in ob upoštevanju rezultatov filogenetske analize menimo, da gre res za nov, prej neznan CoV. Ta novi virus se začasno imenuje 2019-ncov."

Nazadnje so se znanstveniki lotili "izolacije" virusa iz vzorcev tekočine BAL s preverjanjem, ali vzorci tekočine kažejo citopatski učinek na celične linije v laboratoriju. Celice, izpostavljene vzorcem tekočine, so opazovali pod elektronskim mikroskopom, znanstveniki pa so odkrili značilne strukture, podobne CoV. Uporabili so tudi imunofluorescenco - tehniko, ki uporablja specifična protitelesa, označena s fluorescenčnimi barvili. Za to so uporabili serum okrevanih pacientov (ki je vseboval protitelesa), ki je reagiral z virusnimi delci v celicah; to je potrdilo, da je bil virus res vzrok okužbe.

Ta študija utira pot prihodnjim študijam za boljše razumevanje virusa in njegovih virov, zlasti glede na njegovo hitro širjenje, njegovo sposobnost povzročanja smrtnega ARDS in paniko, ki jo je povzročil izbruh. Čeprav so štirje od petih bolnikov, pri katerih je bil identificiran ta virus, s trga morskih sadežev v Wuhanu, natančen izvor okužbe ni znan. CoV bi se lahko prenašal na ljudi prek "vmesnega" nosilca, na primer v primeru SARS-CoV (meso palme cibetke) ali MERS-CoV (kamela). Dr Wang zaključuje:Vsi človeški CoV so zoonotični, več človeških CoV pa izvira iz netopirjev, vključno s SARS in MERS-CoV. Naša študija jasno kaže nujno potrebo po rednem spremljanju prenosa CoV iz netopirjev na ljudi. Pojav tega virusa je velika grožnja javnemu zdravju, zato je ključnega pomena razumeti vir tega virusa in se odločiti za naslednje korake, preden bomo priča obsežnejšemu izbruhu«.